1.进化，是我们看到的一个现象

说进化是一个现象，是为了避免任何受先验观念干扰的嫌疑，例如，进化的方向、目的等等，都不是一开始就需要考虑的事情。
所以，让我们首先单纯观看诸多的现象。

1.1.化石记录

化石的地层记录是一个被看到的现象，被第一个用来解释为进化现象。

	宙	代	时期	世	年代（百万年）	生命
					4600	地球形成
	哈迪恩					最古老的岩石
					3600 3500	生命起源（细菌） 原核生物化石
前寒武纪	太古代				2500
	元古代				543	最早的多细胞生物 最早的有壳生物
			寒武纪		495
			奥陶纪		439
			志留纪		408.5	最早的有颌鱼 最早的陆生植物
			泥盆纪		353.7	最早的昆虫 最早的两栖类 最早的爬行类
			石炭纪		290	最早似哺乳类的爬行类
			二叠纪		251
			三叠纪		228 206	最早的恐龙 最早的哺乳动物
			侏罗纪		180 160	最早的鸟类
			白垩纪		144 98.9 65	最早的胎盘类哺乳动物 恐龙灭绝
			第三纪		55.6 33.5 23.8 5.2 1.8	最早的马 最早的鲸 最早的猿 最早的人属
			第四纪

1.2.现存物种间关联

第二个现象是现存物种之间的关联
种种关联给出的最佳提示，就是一个进化的故事。
物种之间的关联在各个层面都存在。

首先被观察到的，是物种间个体层面的，从形态、行为到器官解剖的关联。这种关联导致远在进化论出现之前，就建立了物种间的谱系关联。而这种谱系关联，尽管只是单纯比较的结果，但仍然向人提示它的历史背景。
从 一个单纯比较多谱系图表，到历史背景的构想，这一个步骤一般是隐含着进行的，但，正是在这个步骤里面，进化论者与某一类反进化论者，有本质的分歧。实际 上，单纯的谱系表，并不必然表达历史背景，因为还缺乏关键的证据，以证明存在那个被称为进化的历史进程。而对于那个历史背景到底是什么，早期还有很直观的拉马克进化解释，但后来被证明是错误的。

基于对存在一个历史背景的设定，做比较的核心概念是同源性状。
鉴于人类无法籍由可预见的进化历史的时间尺度，来直接观看到同源性状的实际演进过程，我们只有先从事合理估计，然后进一步寻求有力证据。正如Mayr所言，“同源无法证实，只能是推导出。”

早期支持同源性状概念的三个有力证据：

• 胚胎发育的比较研究；
• 某些动物发育过程中某些特定结构的重演现象；
• 成体的痕迹结构。

1.3.动植物区系的地理分布

空间的分布可以被合理解释为一个时间历程，按照这个思路，动植物区系的地理分布，可以成为进化历史的强有力证据。

1.4.进化在分子层次的表现

与同源性状对应的，是同源基因。

2.进化机制的构建

明确了进化的现象之后，就可以开始尝试构建进化的机制。